Desinfektionsprincipen för natriumhypoklorit inkluderar huvudsakligen tre aspekter:
Underklorsyra bildas genom hydrolys, och underklorsyra sönderfaller ytterligare för att bilda nytt ekologiskt syre. Den starka oxiderande egenskapen hos nytt ekologiskt syre denaturerar ämnen som proteiner på bakterier och virus och dödar därigenom patogena mikroorganismer.
Hypoklorsyra kan tränga in i bakterier (virus) och reagera med organiska polymerer som bakteriella (virala) proteiner, nukleinsyror och enzymer och därigenom döda patogena mikroorganismer.
Kloridjonerna som produceras av hypoklorsyra kan avsevärt förändra det osmotiska trycket hos bakterier och virus, vilket gör att deras celler förlorar aktivitet och dör.