Förutom skadliga ämnen finns det otaliga bakterier och virus i avloppet. Därför används klordesinfektion i stor utsträckning för att döda bakterier och virus i vattnet under avloppsstadiet från kranvatten och avloppsreningsverk.
Vid behandling av industriellt cirkulerande kylvatten används klor även för att sterilisera och ta bort alger. I processen med kylvattencirkulation, på grund av avdunstning av en del av vattnet, koncentreras näringsämnena i vattnet, och bakterier och andra mikroorganismer kommer att föröka sig i stora mängder och lätt bilda slemsmuts. För mycket slemsmuts leder till rörblockering och korrosion.
Klorering innebär vanligtvis att man injicerar klor i vatten för att döda bakterier och andra mikroorganismer, vanligtvis i klor på flaska.
För att bibehålla den bakteriedödande effekten bör kvarvarande klor alltid hållas vid {{0}}.5 ~ 1mg/L i det utsläppta vattnet och i slutet av vattenledningsnätet vid 0 0,05 ~ 0,1 mg/L.